Sau thất bại năm 1258, đến năm 1285, vua Nguyên sai con trai là Thoát Hoan kéo quân sang xâm lược nước ta. Thế giặc rất mạnh, tiến vào Thăng Long. Trước thế rất mạnh của địch, thượng hoàng Trần Thánh Tông tỏ ra lo lắng, hỏi có nên hàng không. Quốc công Tiết chế Trần Hưng Đạo trả lời: “Bệ hạ chém đầu thần rồi hãy hàng”.
Trong cuộc kháng chiến chống Nguyên - Mông lần thứ hai (1285), trên đường tránh giặc truy đuổi, nghe Dã Tượng nói "Yết Kiêu chưa thấy Đại Vương thì nhất định không dời thuyền". Quả nhiên, khi Trần Hưng Đạo đến nơi, chỉ có thuyền Yết Kiêu vẫn còn ở đó, ông mừng lắm, nói: "Chim hồng hộc muốn bay cao phải nhờ ở sáu trụ cánh. Nếu không có sáu trụ cánh ấy thì cũng chim thường thôi". Ý của Hưng Đạo Vương rất rõ ràng một danh tướng dù tài giỏi đến mấy cũng cốt ở các bộ hạ.
Sau 2 thất bại liên tiếp vào các năm 1258 và 1285, năm 1287, nhà Nguyên lại đem quân sang xâm lược nước ta lần thứ ba. Ngày 14/11/1287, khi biết tin cánh quân Vân Nam của nhà Nguyên đánh ải Phú Lương, vua Trần Nhân Tông hỏi Hưng Đạo vương: "Năm nay đánh giặc thế nào?". Ông quả quyết: "Năm nay đánh giặc nhàn".
Tháng 2 âm lịch năm 1287, nhà Nguyên điều động quân, chia làm nhiều cánh tràn vào Đại Việt. Các quan Đại Việt xin bắt tráng đinh sung quân để quân đội đông hơn, nhưng Hưng Đạo Vương không đồng ý. Ông nói: “Quân quý ở tinh nhuệ, không quý ở số đông. Dẫu đến một triệu quân mà như Bồ Kiên thì cũng làm gì được?”. Không ngoài nhận định của Trần Quốc Tuấn, dù phải đối đầu đội quân đông đảo, thiện chiến của nhà Nguyên, nhưng với chiếc lược, sách lược hợp lý, quân dân nhà Trần đánh tan đạo quân xâm lược với đỉnh cao là chiến thắng Bạch Đằng năm 1288.
Vì lợi ích chung, Trần Quốc Tuấn sẵn sàng gạt bỏ hiềm khích với Trần Quang Khải do từ đời trước để lại. Trần Quang Khải vốn sợ tắm gội, Trần Hưng Đạo thì thích tắm thơm, liền bảo: "Mình mẩy cáu bẩn, xin tắm dùm", rồi cởi áo Trần Quang Khải ra, dùng nước thơm tắm cho ông. Từ đó, mối hiềm khích được loại bỏ, về sau, hai ông đã có những đóng góp to lớn trong kháng chiến chống quân Nguyên.
Khi vua Trần Thánh Tông thân chinh đánh giặc ở Quảng Bình, Trần Quang Khải đi theo, ghế tể tướng bỏ trống, vừa lúc có sứ phương Bắc đến. Thượng hoàng Trần Thái Tông gọi Trần Quốc Tuấn tới, tỏ ý định lấy ông làm Tư đồ để tiếp sứ phương Bắc. Trần Quốc Tuấn trả lời: "Việc tiếp sứ giả, thần không dám từ chối, còn như phong thần làm tư đồ thì không dám vâng chiếu. Huống chi quan gia đi đánh giặc xa, Quang Khải theo hầu mà bệ hạ lại tự ý phong chức, thì tình nghĩa trên dưới, e có chỗ chưa ổn, sẽ không làm vui lòng quan gia và Quang Khải. Đợi khi xa giá trở về, sẽ xin vâng mệnh cũng chưa muộn".
Tháng 6/1300, Hưng Đạo Vương ốm nặng, vua Trần Anh Tông tới thăm và hỏi rằng: “Nếu có điều chẳng may, mà giặc phương Bắc lại sang xâm lược, kế sách như thế nào?”. Trần Quốc Tuấn nói rằng: "Khoan thư sức dân để làm kế sâu rễ bền gốc, đó là thượng sách giữ nước muôn đời vậy”.
Cũng bàn về mưu kế chống giặc cho đời sau, Hưng Đạo Vương đã lấy những dẫn chứng về quá trình chống giặc ngoại xâm của dân tộc và nói: "Họ cậy trường trận, ta dựa vào đoản binh. Dùng đoản binh chế trường trận là sự thường của binh pháp. Nếu chỉ thấy quân nó kéo đến như lửa, như gió thì thế dễ chế ngự. Nếu nó tiến chậm như tằm ăn, không cầu thắng chóng, thì phải chọn dùng tướng giỏi, xem xét quyền biến, như đánh cờ vậy, tùy thời tạo thế, có được đội quân một lòng như cha con thì mới dùng được”.
An Sinh vương Trần Liễu (cha Trần Quốc Tuấn) và em trai là vua Trần Thái Tông vốn có hiềm khích nên trước khi qua đời, Trần Liễu dặn Trần Quốc Tuấn cướp ngôi. Ông để trong lòng nhưng không cho là phải, sau đem chuyện đó ra hỏi các gia nô như Yết Kiêu, Dã Tượng, con trai Hưng Vũ Vương Trần Quốc Nghiễn, họ đều khuyên không nên làm thế. Riêng người con thứ là Hưng Nhượng Vương Trần Quốc Tảng khuyên ông cướp ngôi. Nghe xong, Trần Quốc Tuấn rút gươm kể tội: "Tên loạn thần là từ đứa con bất hiếu mà ra" và định giết Quốc Tảng. Hưng Vũ Vương vội chạy tới khóc lóc xin tha tội, Trần Quốc Tuấn mới tha. Sau đó, ông dặn Hưng Vũ Vương: "Sau khi ta chết, đậy nắp quan tài đã rồi mới cho Quốc Tảng vào viếng".
Trước khi mất, vị tướng kiệt xuất đã dặn lại con cháu: “Ta chết thì phải hỏa táng, lấy vật tròn đựng xương, bí mật chôn trong vườn An Lạc, rồi san đất và trồng cây như cũ, để người đời không biết chỗ nào, lại phải làm sao cho mau mục”.
