Các đồng phạm khác nguyên là lãnh đạo VN Pharma và các công ty dược bị phạt từ 2 năm tù (cho hưởng án treo) đến 5 năm tù về các tội Buôn lậu hoặc Làm giả tài liệu, con dấu của cơ quan tổ chức. Riêng Phạm Anh Kiệt (Tổng giám đốc Sapharco) bị phạt 2 năm tù cho hưởng án treo về tội làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức.
Theo HĐXX, Hùng và các luật sư cho rằng "chỉ sai sót trong thủ tục hành chính, không biết thuốc nhập khẩu là giả" nhưng việc xem xét hành vi phạm tội của các bị cáo là xem xét một chuỗi gồm nhiều hành vi.
Cụ thể, bị cáo Hùng và Cường đã hợp tác với nhau từ năm 2013, thông qua Cường, Hùng đặt mua thuốc tân dược có nhãn mác công ty Helix Canada để bán và đấu thầu cung cấp cho các bệnh viện ở Việt Nam. Do không có hồ sơ kỹ thuật thuốc để nộp cho Cục Quản lý dược nên Hùng chỉ đạo nhân viên thuê người viết hồ sơ thuốc, sử dụng con dấu, chữ ký của hai công ty nước ngoài không còn phép hoạt động tại Việt Nam, nâng khống giá thuốc, sử dụng các giấy tờ giả của công ty ở Canada do Cường cung cấp… để làm hồ sơ nhập khẩu 9.300 hộp thuốc không rõ nguồn gốc, không đạt tiêu chuẩn.
"Hành vi của bị cáo là rất nguy hiểm cho xã hội, xâm phạm hoạt động quản lý của nhà nước… cần phải xử lý nghiêm. Tuy nhiên, bị cáo đã chủ động báo cáo vụ việc để Bộ Y tế niêm phong lô thuốc, ngăn chặn hậu quả nên giảm nhẹ cho bị cáo một phần hình phạt", tòa nhận định.
Ông Cường được xác định đóng vai trò tích cực trong việc cung cấp hai giấy tờ giả quan trọng, để Hùng làm hồ sơ xin phép nhập khẩu thuốc. Tòa bác đề nghị của luật sư, cho rằng không cần thiết phải thành lập hội đồng giám định lại lô thuốc, vì đây là vụ án về buôn lậu.
Đối với các cán bộ Cục Quản lý dược gồm ông Nguyễn Tấn Đạt (hiện là Phó cục trưởng Cục Quản lý dược), Trần Phương Hồng (cán bộ Viện Kiểm nghiệm thuốc Trung ương), Đỗ Minh Hùng (Phó trưởng phòng Đăng ký thuốc Cục Quản lý dược), Phan Công Chiến (Phó Phòng quản lý kinh doanh dược) đã tiến hành thẩm định đơn hàng và hồ sơ kèm theo thuốc H-Capita 500mg của Công ty VN Pharma dù tên thuốc, thành phần tá dược, hạn dùng và nhiệt độ bảo quản...có nội dung không thống nhất, không phát hiện Công ty Helix Canada đã hết hạn kinh doanh mà đồng ý cấp phép cho số thuốc H-Capita 500mg.
HĐXX xác định các bị cáo trên "chưa làm hết trách nhiệm" khi không phát hiện sai phạm trong quá trình thẩm định hồ sơ cấp phép nhập khẩu cho VN Pharma. Sau khi cấp phép Cục quản lý dược nghi ngờ và kịp thời niêm phong lô thuốc, không cho bán ra thị trường, nên cơ quan điều tra không xử lý hình sự. Tuy nhiên, HĐXX đề nghị cơ quan an ninh điều tra tiếp tục xem xét, làm rõ trách nhiệm những người liên quan, "nếu có dấu hiệu thì xử lý sau".
Tòa cũng kiến nghị làm rõ việc VN Pharma chi hoa hồng cho các bác sĩ (khoảng 7,5 tỷ đồng) để họ kê đơn thuốc cho bệnh nhân dùng sản phẩm công ty này cung cấp. "Nếu xét thấy có dấu hiệu sai phạm thì xử lý thành vụ án khác", bản án nêu.
Trước đó, năm 2013-2014, Hùng đặt Cường mua thuốc tân dược của Công ty Helix Pharmaceuticals Canada sản xuất để cung cấp cho các bệnh viện ở Việt Nam. Do không có hồ sơ kỹ thuật, tiêu chuẩn và phương pháp kiểm nghiệm thuốc để nộp cho Cục quản lý dược (Bộ Y tế) thẩm định theo quy định, Hùng chỉ đạo nhân viên thuê người làm hồ sơ kỹ thuật thuốc H - Capita 500mg giả.
Ngoài ra, các nhân viên của VN Pharma còn làm giả các chứng từ, thủ tục thanh toán để được Bộ Y tế cấp giấy phép nhập khẩu 9.300 hộp thuốc H - Capita 500mg Caplet để chữa bệnh ung thư, trị giá hơn 250.000 USD (khoảng hơn 5,3 tỷ đồng).
Tuy nhiên, sau khi nhập khẩu, Cục Quản lý dược thanh tra công ty VN Pharma, kiểm tra lô hàng thì phát hiện đây là hàng giả. Kết quả mẫu giám định của Bộ Y tế cho thấy, lô thuốc nhập khẩu này chứa 97% hoạt chất capecitabine - là thuốc không rõ nguồn gốc, kém chất lượng, không được sử dụng làm thuốc chữa bệnh cho người.