Dưới đây là 14 lần các trọng tài dính sự cố trong các trận đấu có sự góp mặt của HAGL kể từ năm 2015.
1. Vòng 11 V.League 2015: Hà Nội T&T 4-3 HAGL
Trọng tài Trần Xuân Nguyện bị cho từ chối một quả phạt đền và một bàn thắng của Văn Sơn (nhận định do lỗi việt vị).
2. Vòng 14 V.League 2015: HAGL 1-1 Hải Phòng
HLV Graechen cho rằng trọng tài Hoàng Ngọc Hà thổi oan HAGL 1 quả phạt đền và bỏ qua nhiều tình huống phạm lỗi của Hải Phòng với HAGL
Tính từ năm 2015 đến nay, HAGL là đội bóng xuất hiện trong các tranh cãi về trọng tài nhiều nhất.
3. Vòng 15 V.League 2015: FLC Thanh Hóa 2-1 HAGL
Trọng tài Hà Anh Chiến công nhận bàn thắng nâng tỷ số lên 2-1 của Đình Tùng, HAGL phản ứng quyết liệt vì cho rằng bóng đã chạm tay tiền đạo này.
4. Vòng 2 V.League 2016: HAGL 1-2 SHB Đà Nẵng
Trọng tài Phùng Đình Dũng cho SHB Đà Nẵng hưởng quả phạt góc dù trọng tài biên phất cờ ra hiệu HAGL được phát bóng lên. Sau đó, Merlo ghi bàn ấn định chiến thắng 2-1.
5. Vòng 8 V.League 2016: FLC Thanh Hóa 2-1 HAGL
Trọng tài Nguyễn Đức Vũ bị các cầu thủ HAGL tố "lăng mạ, văng tục và dọa phạt thẻ đỏ".
6. Vòng 15 V.League 2016: HAGL 1-1 Hải Phòng
Trọng tài Trần Xuân Nguyện công nhận bàn thắng cho HAGL ở phút 58 dù trọng tài biên căng cờ báo việt vị.
7. Vòng 17 V.League 2016: Quảng Nam 2-0 HAGL
Trọng tài Nguyễn Trung Kiên B nhận chỉ trích từ HLV Nguyễn Quốc Tuấn khi từ chối quả penalty sau khi tiền vệ Ideguchi bị phạm lỗi.
8. Vòng 3 V.League 2017: Hà Nội FC 3-0 HAGL
Trọng tài Nguyễn Ngọc Châu không theo dõi được pha phạm lỗi của Hoàng Vũ Samson với Ngọc Quang. Sau đó, Samson nhận án phạt nguội.
9. Vòng 11 V.League 2017: HAGL 1-0 Quảng Nam
Trợ lý trọng tài Phan Việt Thái nhận định sai tình huống việt vị của Ngọc Quang trận HAGL 1-0 Quảng Nam. Chủ tịch Lê Nguyên Hồng (Quảng Nam) phát biểu "trọng tài được đào tạo ở trường mù Nguyễn Đình Chiểu".
10. Vòng 12 V.League 2017: HAGL 2-3 FLC Thanh Hóa
Trọng tài Trần Xuân Nguyện từ chối một bàn thắng của HAGL sau khi cho rằng Văn Thanh việt vị trước đó, phạt thẻ đỏ A Hoàng. Sau đó, không được VPF mời làm nhiệm vụ.
11. Vòng 13 V.League 2017: Than Quảng Ninh 2-2 HAGL
Ngọc Quang việt vị ở bàn thắng nâng tỷ số lên 2-0 trận Than Quảng Ninh 2-2 HAGL, trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh bị vạ lây do trợ lý không căng cờ báo việt vị.
12. Vòng 19 V.League 2017: TP.HCM 1-0 HAGL
Trọng tài Hoàng Ngọc Hà bị cho là bỏ qua một bàn thắng của Motta và quả phạt đền do Công Phượng bị phạm lỗi trong vòng cấm
13. Vòng 23 V.League 2017: HAGL 3-2 Hà Nội FC
HLV Chu Đình Nghiêm cho rằng Hà Nội FC bị xử ép trong trận thua 2-3 trước HAGL.
14. Vòng 7 V.League 2018: Sanna Khánh Hòa 1-1 HAGL
Trọng tài Nguyễn Văn Kiên đã thổi 1 quả penalty gây tranh cãi trong những phút cuối trận, giúp Sanna Khánh Hòa có trận hòa 1-1 với HAGL. Ngay sau đó, ông bị VPF ngưng hợp tác vô thời hạn.